確定色譜峰保留時間不穩定的原因首先需要找出變化的模式。保留時間在多次進樣間隨機變化。建議首先檢查泵和溶劑混合裝置。校驗泵是否工作正常，可以用量筒和秒表來測量流速。校驗流動相組成沒有變化，可以在流動相中加入跟蹤劑來觀察基線的變化。如果流動相組成是穩定的，基線也應該很穩定。如果流動相組成有變化，你會觀察到基線的相應變化。舉例說明，如果你使用反相條件，UV檢測器，可以在有機相溶劑中加入0.1%的丙酮，監測254 nm下的基線變化。另一種方法也可以，你需要人工配制流動相，然后通過溶劑混合裝置。如果保留時間的變化消失了，問題就出在溶劑混合裝置上。

 一天之內的進樣保留時間一致，但是不同天數之間的保留時間變化

   這種情況下，儀器本身不太可能有問題。保留時間變化zui有可能的原因是流動相組成的變化。在反相色譜中，保留因子k和流動相中有機溶劑的體積含量成指數關系。根據經驗，如果有機溶劑含量誤差1%，那么保留時間的變化在5%到15%之間，典型情況在10%左右。建議仔細稱量有機溶劑，的配制流動相方法是用質量稱量代替體積稱量。

   此外，流動相如何脫氣也可能導致保留時間的變化。的脫氣方法是使用真空超聲脫氣大約一分鐘左右，這會zui大程度的減少溶劑蒸汽的揮發。另一個方法是用氦氣流噴射，在流動相被氦氣平衡后，氦氣流必須被關閉，否則氦氣會帶走溶劑蒸汽，溶劑的組成會由于蒸發而發生變化。

    如果樣品組成是離子狀態或者離子化的，那么控制流動相的pH值非常重要。小到0.1單位的pH變化會導致保留時間漂移10%左右。所以準確測量pH值并保證pH儀被很好地的校準。在反相色譜中，隨著流動相pH值的升高，酸保留時間會減少，堿的保留時間會增加。

色譜峰保留時間朝同一個方向漂移

    如果所有色譜峰的保留時間都朝同一個方向漂移，很可能是溫度原因所致。根據經驗，每℃的變化導致保留時間變化大約1%到2%左右。在通常情況下沒有什么問題，但是在許多地方空調和暖氣在周末的時候會關閉，然后會出現樣品在周末的保留時間會和平時不一樣。使用柱溫箱可以很好的避免這個問題。